Qu’est-ce que c’est?
Ce projet consiste en une application web, développée par Anjali Chawla et Malosree Maitra des laboratoires de Dr. Turecki et Dre Nagy, pour la visualisation interactive des données de séquençage ATAC et ARN unicellulaire. C’est un projet qui a été soutenu à travers les Prix de la Science ouverte du Douglas, dans le cadre de son concours inaugural en 2022.
Cet outil a pour but de faciliter la compréhension des contributions spécifiques des types de cellules cérébrales au cerveau sain et de leur rôle dans la dépression et le suicide. Un deuxième ensemble de données ouvertes permet désormais aux chercheurs d’explorer les données sur l’expression d’un gène et de les combiner avec des données sur l’accessibilité de la région chromatinienne associée, le promoteur du gène et les motifs des facteurs de transcription.
L’application est ouverte et accessible gratuitement : les scientifiques du monde entier peuvent utiliser les données partagées par le groupe McGill d’études sur le suicide pour explorer la régulation et l’expression des gènes spécifiques à un type de cellule chez les personnes souffrant de dépression et décédées par suicide, par rapport à des témoins psychiatriquement sains.
Pourquoi le séquençage d’une seule cellule?
Le séquençage d’une seule cellule permet de caractériser des types de cellules spécialisées dans différentes régions du cerveau, y compris dans le contexte de pathologies liées au cerveau.
Comment l’application est-elle interactive?
Vous pouvez modifier les onglets déroulants pour sélectionner les variables d’intérêt, comparer les échantillons côte à côte et télécharger un PDF ou un PDG des images créées.
Comment l’application promeut-elle la science ouverte ?
L’application web est un logiciel libre qui rend les données trouvables, accessibles, interprétables et réutilisables (FAIR). Elle respecte les principes de la science ouverte du Douglas en :
- Facilitant la réutilisation des données, ce qui contribue à la reproductibilité et à la réplicabilité de la recherche ;
- Autorisant les collaborations basées sur les données partagées, ce qui contribue à la diffusion et au partage des connaissances.
Références
Chawla A., Cakmakci D., Zhang W., Maitra M., Rahimian R., Mitsuhashi H., et al. Differential chromatin architecture and risk variants in deep layer excitatory neurons and grey matter microglia contribute to major depressive disorder bioRxiv 2023.10.02.560567, (2023) doi: 10.1101/2023.10.02.560567
Maitra M., Mitsuhashi H., Rahimian R., Chawla A., et al. Cell type specific transcriptomic differences in depression show similar patterns between males and females but implicate distinct cell types and genes Nature Communications 14 (2912), (2023) doi: 10.1038/s41467-023-38530-5